Cena majstra Cchao Suečchina (čínska literárna cena, 2003)
Cena ministra kultúry SR za mimoriadny prínos v oblasti literárneho prekladu (2003)
Cena ministra školstva SR za prínos v rozvoji vedy (2003)
Cena SAV za popularizáciu vedy (2010)
Special Book Award of China (2015)
Štátna cena ČĹR za prínos prekladov Mariny Čarnogurskej z čínskej literatúry a filozofie, ako aj jej knižných monografií v šírení významu čínskeho kultúrneho dedičstva pre svetovú kultúru.
Čestná plaketa Ľudovíta Štúra za zásluhy v spoločenských vedách (2015)
Veľvyslankyňa humanizmu (2016)
Spoločnosť Prometheus — združenie svetských humanistov udelilo pani Maríne Čarnogurskej v súlade so štatútom pre udeľovanie cien humanistov čestný titul Veľvyslanec humanizmu 2016 najmä za aktívnu a otvorenú obhajobu tolerancie, významu a hodnoty civilizácií i jednotlivcov neveriacich v boha, i za rešpektovanie a úctu ľudstva k prírode v ich prirodzenom životnom vzťahu.